Michael, T-Bag, Mahone e Bellick estão presos em uma prisão chamada Sona. Sara desaparece juntamente com LJ, que estão de reféns de uma agente da companhia chamada Gretchen, pois Michael foi colocado em Sona de propósito, com a missão de fugir de lá com James Whistler, um homem que a companhia quer do lado de fora. Nesse meio tempo, Michael tem problemas com o chefão da prisão Lechero. Gretchen dá orientações a Lincoln, dizendo que Michael tem sete dias para fugir de Sona, ou Sara e LJ serão executados. Sofia é a namorada de Whistler, e está disposta a ajudar Lincoln a salvar os seus entes queridos. Sucre começa a trabalhar de coveiro em Sona, para ajudar Michael a fugir.Após uma tentativa de Lincoln resgatar Sarah e e Lg, uma caixa é enviada para Lincoln com a cabeça de Sara. Michael faz alianças com Bellick, Mahone, e Lechero (que queria sair de Sona por estar perdendo poder lá dentro) para fugir da prisão. No fim, Michael consegue fugir de Sona através de um túnel junto com McGrady, um garoto jogador de basquete que havia conhecido em Sona, Mahone e Whistler, deixando para trás, Lechero, Bellick e T-Bag. Sucre acaba preso pois TBag o entrega , mesmo assim ele nao entrega o paradeiro deles. Michael resolve utilizar Whistler em uma troca por LJ, mas Whistler foge. Michael e Lincoln resgatam LJ. Whistler se junta a Gretchen e contratam Mahone para trabalhar com eles. Lincoln resolve ficar com LJ e Sofia no Panamá, e Michael vai para os Estados Unidos atrás de vingança contra Gretchen e a companhia pela morte de Sara. Enquanto isso T-Bag se torna o novo chefão de Sona, ficando com o dinheiro de Luchero que acaba morto.