A sexta é a menor das temporadas, com apenas 14 episódios. Esta, novamente, mostra outro inimigo do passado de Kaiba que surge na competição que Seto monta na inauguração de seu parque temático. Desta vez, o perigo se encontra escondido nos computadores da corporação. Fugindo da tradição, desta vez os duelos não contém apostas de almas e relações com o Antigo Egito.